疫病監視中心 (含花蓮檢疫分所) 業務職掌如左：
一、關於傳染病疫情之監視、蒐集、交換、調查、處理及報告事項。
二、關於突發不明原因疫病之應變及處理事項。
三、關於支援地方衛生機關辦理傳染病防治事項。
四、關於預防傳染病所需各種藥品器材之儲備管理事項。
五、關於協助地方衛生機關推行衛生教育及衛生改善事項。
六、關於其他內部行政事務之處理及上級臨時交辦事項。