稽核管制組掌理事項如下：
一、關於管制藥品使用管理及流向查核計畫之擬訂及重點查核之執行事項
。
二、關於管制藥品業者及機構申報管制藥品資料之建檔、核對及鉤稽事項
。
三、配合檢察、調查及警察機關，辦理管制藥品或毒品檢舉案件之實地稽
查事項。
四、關於管制藥品稽查人員稽核管理相關法規及稽查技術之講習、訓練事
項。
五、關於地方衛生主管機關辦理管制藥品一般稽核業務之督導事項。
六、關於行政院衛生署醫療使用管制藥品審核委員會之幕僚作業事項。
七、其他交辦事項。