秘書室設四科，分別掌理下列事項：
一、施政計畫編報及追蹤管制事項。
二、年度工作考成考績事項。
三、研究發展事項及因公出國報告存管及運用事項。
四、業務簡報宣導管理及年終業務檢討之綜理事項。
五、人民陳情案件、監察案件及上級交付列管案件之列管追蹤事項。
六、公文檢核稽催查詢管理事項。
七、行政革新事項之推動管考及為民服務事項。
八、新開發佈及新聞媒體聯繫事項。
九、國會聯繫暨質詢案件之處理事項。
十、參觀接待事項。
十一、港埠資料拍攝保存、多媒體及簡介製作事項。
十二、慶典活動、敦親睦鄰等公共關係事項。
十三、印信典守、檔案管理、文書處理、文書保密等事項。
十四、財產、房地產管理及保險等事項。
十五、眷舍、宿舍、辦公廳舍營繕、維護使用管理事項。
十六、財物、事物用品採購、水電、環境衛生管理及消防設施維護事項。
十七、工友、駕駛人員管理、考核、行政車輛調派、保養、修護、汰換及檢驗等事項。
十八、動員業務事項。
十九、收付款業務、有價證券保管、出納帳冊表報處理、所得稅作業、銀行帳戶開立及印鑑更換等事項。
二十、不屬於其他各組、室掌理事項。
二十一、其他交辦事項。