過港隧道管理處 (以下簡稱本處) 設各課、室、站，分別掌理下列事項：
一、工務課：
(一) 隧道機電、電腦等設備之保養、維修、管制等事項。
(二) 維修操作人員及收費員之排班、調記、工作督導、員工在職訓練計
畫及業務改進建議事項。
(三) 隧道行車服務及交通安全管制、事故排除及違規事件處理等事項。
二、收費站：
受益費之徵收、解繳、稽核等事項。
三、總務室：
(一) 隧道之內部清潔、環境維護整理等事項。
(二) 總務事務、文書、檔案、印信、出納、員工薪津、財產車輛、物料
採購及福利等事項。