本基金之用途如下：
一、辦理水庫、海堤、河川或排水設施管理及清淤疏濬之支出。
二、辦理水庫、海堤、河川或排水設施之災害搶修搶險之支出。
三、辦理水庫更新改善之支出。
四、相關人才培訓之支出。
五、辦理回饋措施之支出。
六、水資源調配支出。
七、自來水法第十二條之二第三項、第六項及第十二條之四第二項所定支用項目之支出。
八、自來水法第十二條之四第一項所定支用項目之支出。
九、水利法第八十四條之一第四項所定耗水費支用項目之支出。
十、溫泉事業發展基金支出。
十一、管理及總務支出。
十二、其他有關支出。
前項第十款所定溫泉事業發展基金之用途，為溫泉法第十一條第三項所定之支用項目。
前條第一項第四款之收入，應設置專戶，於扣除徵收之相關費用後，分作各水質水量保護區專供第一項第七款用途之用。
前條第一項第五款之收入，應設置專戶，撥交各該水質水量保護區所屬縣市、直轄市政府專供第一項第八款用途之用。
前條第一項第六款之收入，應設置專戶專供第一項第九款用途之用。
前條第一項第四款至第六款及第八款以外之收入，不得支用於第一項第七款至第十款之用途。