執行單位執行科技專案有下列各款情形之一者，本部或所屬機關得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費或績效獎勵，並得要求更換計畫主持人：
一、執行進度或經費動支落後，且未能改善。
二、執行項目與契約內容不符。
三、第十八條第二項之查證經評定為未達成預期成果。
四、未依科技專案管理制度執行。
五、違反法令或契約相關規定。
執行單位違反前項規定且情節重大者，本部或所屬機關得依約終止或解除契約。並得依情節輕重不受理其申請科技專案一年至五年。
執行單位拒絕政府審監單位查核，或查核後經要求改善而不予改善者，本部或所屬機關得依約減少或停止撥付經費、終止或解除契約。