核能技術處分設五科，各科掌理事項如左：
一、研究發展科：
（一）原子能應用科技發展工作項目之規劃、與技術評審事項。
（二）本會及附屬機關科技發展有關中長程計畫之技術評審事項。
（三）本會及附屬機關年度施政科技研發計畫之技術評審事項。
（四）本會及附屬機關原子能合作、委辦研究計畫之技術評審，期中、期末報告之技術審查及成果發表會之籌辦事項。
（五）原子能法規、技術規範及導則之彙整與研訂事項。
（六）國際原子能合作研究計畫之技術評審事項。
（七）本會及附屬機關公差出國人員出國報告之技術審查事項。
（八）其他核能技術研發相關事項。
二、運轉評估科：
（一）核能電廠安全指標方案之研擬及執行事項。
（二）核子反應器安全資料之蒐集、整理及分析事項。
（三）核子反應器運轉數據之分析及評估事項。
（四）核能電廠營運指標方案之審查事項。
（五）核能電廠診斷評估方案之研擬及執行事項。
（六）核能電廠事件分級方案之研擬及執行事項。
（七）其他有關核能電廠安全績效之評估事項。
三、事件分析科：
（一）核子反應器重大異常事件之調查及評估事項。
（二）核子反應器事件調查方案之研擬及執行事項。
（三）核能電廠事件之統計及分析相關事項。
（四）核能電廠趨勢分析方案之研擬及執行事項。
（五）國外核能電廠重大異常事件之蒐集及分析事項。
（六）國內外核能電廠異常事件資料庫之管理事項。
（七）核子事故處理技術之研究事項。
（八）其他有關核能電廠事件之分析事項。
四、輻射應用科：
（一）同位素及輻射照射在醫、農、工等民生應用之規劃及督導事項。
（二）游離輻射應用技術之蒐集、彙總及規劃事項。
（三）輻射防護安全資料之蒐集、分析事項。
（四）加速器研發成果應用之推廣及督導等事項。
（五）原子能設備進口關稅減免之審查等事項。
（六）其他有關輻射民生應用技術之規劃及督導事項。
五、核能資訊處理科：
（一）本會核能資訊系統之整體規劃、設計、協調、推動及管理事項。
（二）本會核能相關管制資訊系統之發展及維護事項。
（三）本會輻射防護管制資訊系統之發展及維護事項。
（四）本會核能技術管理資訊系統之發展及維護事項。
（五）本會核能資訊作業之研究發展、教育訓練及諮詢服務事項。
（六）本會電腦軟硬體設施之管理、操作及維護事項。
（七）其他有關本會資訊之處理事項。