本中心設左列各單位，分掌有關事項：
一、倉儲課：有關貨物之授受保管登記、整嘜、過磅、開箱、造表、倉單
之開發破件損耗與其他有關事故之調查報核、倉庫管理等事項。
二、運輸課：有關碼頭、機場、車站貨物之提運、交運、區內貨物之搬運
、裝卸工具之管理、督導等事項。
三、業務課：有關文書、庶務、出納、公共關係與計費、核算、業務營運
計畫及其他不屬於各課之事項。
四、人事課：有關人事管理及人事查核事項。
五、會計課：有關歲計、會計及統計事項。
六、修護場：有關車輛、機具與設備之修理與維護。