我國學術或研究機構依本條例第十二條之二第一項分配股票予我國創作人者，至遲應於分配股票予我國創作人之當年度十二月三十一日前檢具本辦法所訂之申請文件，送請依科學技術基本法第六條第三項所定辦法之各主管機關（以下簡稱各主管機關）申請股票認定。

各主管機關應於受理學術或研究機構申請之日起二個月內，將前項認定結果函復該學術或研究機構，並通知該創作人、公司及公司所在地稅捐稽徵機關。但前項之認定，經審查屬本辦法第五條第一項第三款之文件欠缺或應載明事項不全者，各主管機關得命學術或研究機構於申請年度之隔年報稅起始日三個月前完成補正。各主管機關應於受理學術或研究機構補正之日起一個月內，將認定結果函復該學術或研究機構，並通知該創作人、公司及公司所在地稅捐稽徵機關。