保稅倉庫業者有下列情事之一者，海關得依關稅法第八十八條規定，予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲保稅貨物：
一、未依第九條規定辦理。
二、未依第二十條規定期限申報短溢卸情事。
三、未依第二十七條規定辦理。
四、未依第三十二條第二項規定，憑理機關員簽證並按月列報。
五、未依第三十四條規定辦理重整。
六、未依第三十五條規定辦理檢驗、測試。
七、未依第三十八條規定報明及檢附重整貨物所需內容及文件。
八、未依第四十七條規定向海關申辦保稅貨物之轉儲。
九、未依第五十一條規定辦理帳冊管理。
十、未依第五十二條第一項規定印製表報報請海關驗印備查。
保稅倉庫業者有前項第一款情形，如係未依第九條第四項後段規定辦理，且涉及違反第五條第一項第一款規定者，依前條第一款規定處罰。