會計室掌理歲計、會計事項。分設四科，各科之職掌如左：
一、第一科：
(一) 本總局及所屬歲入預算之控制。
(二) 所屬各關稅局歲入類月報表之審核。
(三) 歲入類有關彙總事項記帳憑證之造具。
(四) 歲入類有關彙總事項會計簿籍之登載。
(五) 本總局及所屬歲入會計報告之編製。
(六) 徵課會計制度之擬訂及推行。
(七) 其他有關歲入之會計事項。
二、第二科：
(一) 本總局歲出預算之控制。
(二) 本總局經費類原始憑證及所屬各關稅局經費月報表之審核。
(三) 本總局經費類及經費類有關彙總事項記帳憑證之造具。
(四) 本總局經費類及經費類有關彙總事項會計簿籍之登載。
(五) 本總局及所屬歲出會計報告之編製。
(六) 其他有關歲出之會計事項。
三、第三科：
(一) 本總局及所屬歲出、入 (概) 預算之籌劃、審核及整編。
(二) 本總局及所屬歲出、入預算之分配及經費調撥。
(三) 本總局及所屬歲出、入決算、績效報告之辦理。
(四) 本總局及所屬經費流用、保留及預備金動支之辦理。
(五) 其他有關歲出、入之歲計事項。
四、第四科：
(一) 本總局及所屬會計憑證、簿籍、表報之事後查核及送審。
(二) 本總局及所屬預算執行之監督及審核。
(三) 本總局現金、有價證券、保管品、財產物品等之檢查。
(四) 本總局及所屬營繕工程及購置、定製、變賣財物之監辦。
(五) 本總局關係經費負擔及收入一切契約及大宗動產、不動產買賣契約
之事前審核會簽。
(六) 本總局及所屬財產統制帳之登載及處理。
(七) 本總局及所屬其他內部檢查之辦理。
(八) 本總局及所屬會計人員任免、遷調、獎懲、考核等事項之擬辦及一
般行政管理事宜。
(九) 其他交辦事項。