總務處掌理有關印信、文書、庶務、出納、企劃、考核、公共關係及不屬
於各處、室事項。分設八科，各科之職掌如左：
一、第一科：
(一) 本總局機要案件之處理。
(二) 本總局機密文件之收文及發文處理。
(三) 本總局英文函件之處理。
(四) 本總局各單位簽、稿之陳核事宜。
(五) 典守印信事宜。
(六) 編製本總局中英文書面簡報。
(七) 籌辦本總局業務檢討會及不屬於其他單位之重要會議。
(八) 財政部長官暨監委蒞總局巡察之準備事宜。
(九) 協辦關務合作會事宜。
(十) 立、監委員質詢稿之處理。
(十一) 各機關公報或重要書刊雜誌之轉陳或處理。
(十二) 其他臨時交辦事項之處理。
二、第二科：
(一) 本總局文書之總收發。
(二) 本總局文書之繕印及校對。
(三) 其他例行文書事項之處理。
三、第三科：
(一) 關務新聞之發布。
(二) 新聞媒體之聯繫。
(三) 關務政令之宣導。
(四) 多媒體 (錄影帶) 簡報製作。
(五) 來訪貴賓及參觀訪問人員之接待與安排。
(六) 國會 (立法院及國民大會) 聯繫事宜。
(七) 關務簡報。
(八) 公務攝影及管理。
四、第四科：
(一) 歸檔文卷之點收、整理、銷號、保管。
(二) 檔案之調卷管理。
(三) 檔案之清理銷毀。
五、第五科：
(一) 勞工保險。
(二) 財產管理。
(三) 物品採購。
(四) 車輛管理。
(五) 工友管理。
(六) 辦公處所管理。
(七) 宿舍管理。
(八) 集會管理。
(九) 員工實物配給、房租補助之審核。
(十) 海關員工互助案件之審核與核發。
(十一) 海關置屋貸款。
(十二) 關務圖書資料之蒐集、整理、借閱、保存。
六、第六科：
(一) 經費之出納。
(二) 出納帳務登錄、報表之編製及國庫核帳清單之核對。
(三) 零用金之保管、支付及請撥。
(四) 本總局員工、技工及工讀生薪資之發給。
(五) 所得稅扣繳申報事項。
(六) 退休人員三節慰問金之發放。
七、第七科：
(一) 本總局資本門新建工程之辦理。
(二) 本總局修繕工程之辦理。
(三) 審核各關稅局重大工程及一定金額以上工程開標驗收之監辦。
(四) 應台中關稅局要求協助辦理該局重大營繕工程。
八、第八科：
(一) 年度施政計畫之編擬、列管、追蹤及考核。
(二) 本總局及所屬各關稅局研究發展業務之推行。
(三) 分層負責及權責劃分作業之處理。
(四) 各單位工作手冊編修之彙整。
(五) 出版品之管理。
(六) 關務年報之編印。
(七) 財政年報 (關務部分) 之撰稿。
(八) 行政院列管工作之考成。
(九) 為民服務平時績效之考核。
(十) 出國考察報告建議事項各單位意見之彙整。
(十一) 業務檢討會議提案決議辦理情形之追蹤。
(十二) 各關稅局考核報告之列管。
(十三) 處理公文時效之管制及考核。
(十四) 人民陳情案件之列管。
(十五) 關務查詢事項及民眾反映意見及處理。