資料處理處掌理關務資訊作業事項。分設七科，各科之職掌如左：
一、第一科：
(一) 年度關務資訊計畫之擬訂及年度概算之編製。
(二) 年度關務資訊計畫需求之審議。
(三) 系統作業概況控管。
(四) 電腦設備租購事宜。
(五) 研究發展。
(六) 審核各關稅局自行發展之系統。
(七) 資訊教育訓練。
(八) 編製資訊專刊。
(九) 協辦資訊稽核。
(十) 一般行政管理事宜。
二、第二科：
(一) 空運進口通關作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(二) 進出口貿易統計作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行
。
(三) 徵課會計作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(四) 驗估處報單管制作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行
。
(五) 會計室、統計室、驗估處及其他上級交辦相關業務電腦化之系統設
計、發展、測試 (含整體測試) ，建置、執行、維護等事項。
三、第三科：
(一) 海運進口通關系統及相關系統新需求之規劃、分析、設計、發展、
維護及執行。
(二) 稅則作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(三) 查緝作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(四) 欠稅作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(五) 廠商管理作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(六) 錄案作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(七) 關產合約作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(八) 貨價查詢作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(九) 法制室、稅則處、查緝處、訴願審議委員會、稅則分類估價評議會
、大陸物品鑑定委員會及其他上級交辦相關業務電腦化之系統規劃
、分析、設計、發展、測試 (含整體測試) ，建置、執行、維護等
事項。
四、第四科：
(一) 空運出口通關作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(二) 外銷品沖退稅作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(三) 保稅工廠管理作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(四) 人事業務系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(五) 薪資發放業務系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(六) 人事室、海務處、保稅退稅處及其他上級交辦相關業務電腦化之系
統規劃、分析、設計、發展、測試 (含整體測試) ，建置、執行、
維護等事項。
五、第五科。
(一) 海運出口通關系統及相關系統新需求之規劃、分析、設計、發展、
維護及執行。
(二) 海關對外連線作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(三) 電子資料交換 (EDI) 作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護
及執行。
(四) 公文管理作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(五) 財產查詢作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(六) 語音回報及資料庫查詢作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護
及執行。
(七) 主管資訊作業系統之規劃、分析、設計、發展、維護及執行。
(八) 總務處及其他上級交辦相關業務電腦化之系統規劃、分析、設計、
發展、測試 (含整體測試) ，建置、執行、維護等事項。
六、第六科：
(一) 電腦作業系統之維護及管理。
(二) 資料庫之規劃、維護及管理。
(三) 電腦媒體之維護及管理。
(四) 電腦網路系統軟體之規劃、維護及使用績效管理。
(五) 電腦批次作業之執行控管。
(六) 電腦使用績效之管理。
(七) 電腦使用者權限及安全之控管。
(八) 電腦程式館及程序館之維護、管理。
(九) 增置電腦及相關設備之規格開列及審查。
七、第七科：
(一) 電腦主機之操作、管理及績效監控。
(二) 電腦服務檯之設置、管理。
(三) 電腦網路及其相關設備之配置、管理等事項。
(四) 電腦及其相關設備耗材之控管。
(五) 電腦主機及其相關設備之裝置、管理等事項。
(六) 電腦主機相關配合設施之規劃及操作、管理。
(七) 電腦網路系統之操作、管理及績效監控。