會計室掌理歲計、會計及統計等事宜。分設四股，各股之職掌如下：
一、第一股：
(一) 歲出單位概算、預算與分預算之編製。
(二) 歲出分配預算之編製、修正。
(三) 歲出追加、追減預算及動支預備金之申辦。
(四) 總局歲出預算 (人事費) 控管及憑證審核。
(五) 會計人員及統計人員任免、遷調、考核、獎懲案件之擬辦。
(六) 採購案件之監辦。
(七) 其他交辦事項。
二、第二股：
(一) 總局歲出預算 (不含人事費、旅運費) 控管及憑證審核。
(二) 付款憑單及各項經費類記帳憑證之編製。
(三) 經費類會計帳務之處理。
(四) 經費類會計憑證、簿籍及報表之整理、送審及保管。
(五) 經費類會計報告及決算之編製及彙編。
(六) 各種代收款項收付之審核。
(七) 經費流用及保留之辦理。
(八) 採購案件之監辦。
(九) 分局歲出預算執行之督導。
(十) 其他交辦事項。
三、第三股：
(一) 稽徵所歲出預算與零用金之控管及憑證審核。
(二) 總局歲出預算 (旅運費) 與各單位教育訓練費之控管及憑證審核。
(三) 採購案件之監辦。
(四) 總局及所屬零用金、出納事務等內部控制項目之查核。
(五) 分局會計業務考核。
(六) 其他交辦事項。
四、第四股：
(一) 歲入單位概算、預算、分預算及分配預算之編製。
(二) 徵課會計報告及各項報表彙編。
(三) 歲入類會計帳務處理。
(四) 歲入類會計報告、決算之編製及彙編。
(五) 分局徵課會計業務之督導。
(六) 各項違章案件財務罰鍰獎金提成及分配之審核。
(七) 國稅統計各項報表及年報之統計、分析及編製。
(八) 公務統計報表之編製。
(九) 採購案件之監辦。
(十) 其他交辦事項。