為確保財團法人之正常運作及健全發展，本部應依本法、本法授權訂定之法規及其他法令規定辦理各項事務之檢查或查核。
本部對於政府捐助財團法人之業務與財務運作狀況及投資情形，應定期以書面或其他方式查核，由本部各業管單位辦理，每三年至少實地查核一次。
前項檢查或查核項目至少應涵蓋人事管理、財務管理、績效評估及法規遵循；查核之結果應由本部各業管單位對外主動公開。
本部得視需要對民間捐助財團法人進行查核。查核方式以書面查核為主，必要時，得進行實地查核。
第二項及第三項規定，於經本部依本法第六十三條第一項指定之民間捐助財團法人準用之。