檢查管制組分設二科，各科掌理事項如下：
一、商檢科：
（一）關於商港及工業專用港安全檢查施政計劃之釐定、指導事項。
（二）關於商港、工業專用港、遊艇港安檢勤務之指導、考核及安全檢查
規定之擬訂事項。
（三）關於商港及工業港走私、偷渡及相關犯罪案件之處理事項。
（四）關於商港、工業專用港、遊艇港港安演習之策劃、指導相關事項。
（五）關於商港、工業專用港、遊艇港安檢所站之增設或裁撤事項。
（六）關於商港（船）禁、限航與輪船、船員申請航往限航地區及違規案
件之處理事項。
（七）關於查核進出港船舶載運械彈。
（八）關於商港安檢法令之彙編、研修、釋疑、測驗、講習及商檢工作重
大案例編撰事項。
（九）關於商港安檢工作各項資料之統計、分析及運用事項。
（十）關於安檢裝備需求、研發及養護之指導事項。
（十一）其他有關商港安檢勤務與緝私專案相關工作之處理及執行事項。
（十二）關於本組不屬於漁檢科事項。
二、漁檢科：
（一）關於漁港安全檢查施政計畫之釐定、指導事項。
（二）關於非通商口岸、漁港安檢勤務之指導、考核及安全檢查規定之策
頒事項。
（三）關於漁船筏（民）進出漁港，涉嫌走私、非法入出國等犯罪案件之
處理事項。
（四）關於漁港港安演習之策劃、指導相關事項。
（五）關於漁港安檢所之增設或裁撤事項。
（六）關於人民、機關、團體及學校申請進出港事項。
（七）關於協助大陸船員岸置事務之指（督）導事項。
（八）關於協助傳染性疫病防處之勤務指（督）導事項。
（九）關於安檢單位年節慰問金及個案慰問之簽處事項。
（十）關於漁檢法令之彙編、研修、釋疑、測驗、講習及漁檢工作重大案
例編撰事項。
（十一）關於漁港安檢工作各項資料之統計、分析及運用事項。
（十二）其他有關漁港安檢勤務事項。