會計室分設三科，各科掌理事項如下：
一、歲計科：
（一）關於本總局及所屬機關歲入、歲出概算、預算之籌劃、審核及編製
事項。
（二）關於本總局及所屬機關歲入、歲出分配預算及修改分配預算之審核
、編製事項。
（三）關於本總局及所屬機關歲入、歲出預算之追加、追減及第一預備金
、第二預備金之審核彙轉事項。
（四）關於本總局及所屬機關預算保留之申請、核轉事項。
（五）關於本總局及所屬機關歲計事務之督導考核及研究發展事項。
（六）關於本總局及所屬機關預算執行檢討之審核彙轉事項。
（七）關於歲計預算相關法規之研擬及建議事項。
（八）關於本總局及所屬機關辦理各項計畫規劃案件之會核事項。
（九）關於本總局資本門預算執行及所屬機關各項採購案件之會同監標、
監驗事項。
（十）其他有關歲計業務事項。
二、會計科：
（一）關於會計制度、法規、方案之研究、規劃及推行建議事項。
（二）關於本總局年度經常門預算執行、採購案件之監標、監驗、預算控
制、檢討及各項會計憑證審核等作業。
（三）關於本總局及所屬機關各類款項會計憑證彙整及原始憑證之整理送
審事項。
（四）關於帳冊登記、會計報告及預算收支執行狀況月報表之編製、彙編
及核轉事項。
（五）關於收支傳票、付款憑單之編製及公庫帳單核對等事項。
（六）關於單位財產之查核及增減結存審核帳務處理等事項。
（七）關於本總局及所屬機關年度預算半年結算報告之編製、彙編及核轉
事項及歲入、歲出決算之編製事項。
（八）關於各項原始憑證、記帳憑證、會計報告及簿籍等之保管及銷燬事
項。
（九）關於審計部年度財務收支查核、決算審核報告之聲復、協調聯繫及
退審（查詢）案件之聲覆處理事項。
（十）關於內部審核制度、作業程序及法令之訂定、修正事項。
（十一）關於本總局及所屬機關會計業務之督導考核事項、內部審核計畫
之策訂、執行、管制、考核、複查事項及出納事務查核及核轉事
項。
（十二）其他有關會計業務事項。
三、統計科：
（一）關於公務統計方案之研（修）訂及推動事項。
（二）關於公務統計資料之蒐集、彙整、審核及編報事項。
（三）關於統計報告之編製事項。
（四）關於普查資料及抽樣調查資料之蒐集、整理、提供及分析事項。
（五）關於本室會計工作研究及資訊化推展事項。
（六）關於統計資料庫建立及管理事項。
（七）關於總局及所屬主辦會計人員移交案之核轉事項。
（八）關於本總局及所屬機關會計人事管理事務之處理事項。
（九）關於會計機構組織設置及員額編制事項之建議。
（十）關於本室行政管理事務之處理及本總局會計業務座談會之策辦及督
考綜合事項。
（十一）關於本室文書收發、檔案管理及印信典守等事項。
（十二）其他有關統計業務事項及本室不屬其他各科事項。