行政院海岸巡防署海洋巡防總局（以下簡稱本總局）掌理下列事項：
一、關於海域犯罪之偵防事項。
二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。
三、關於依法執行下列事項︰
（一）海上交通秩序之管制及維護事項。
（二）海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。
（三）海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。
（四）海洋災害之救護事項。
（五）漁業巡護及漁業資源之維護事項。
（六）海洋環境保護及保育事項。
（七）其他依法執行事項。
四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。
五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。
六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。
七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。
八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。
九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。
十、其他依法應規劃、執行事項。