保育研究課之職掌如下：
一、關於本區域內自然資源之保育、研究、監督事項。
二、關於本區域內人文史蹟資料之蒐集、研究及管理事項。
三、關於本區域內各種標本之採集、製作、標示研究及保管事項。
四、關於本區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計畫執行事項。
五、關於本區域內生態環境之經營、管理事項與其保育計畫之研擬及實施
事項。
六、關於本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源與人文資源
行為之處理復舊及監督事項。
七、關於保育研究實施計畫之研擬、執行及推廣事項。
八、其他有關保育研究事項。