涉及國家機密之案卷歸檔時，承辦人員應使用機密檔案專用封套裝封，並於封面上註明案由、案號、判決結果及日期、裝封年月日、頁數、件數、附件數、保存年限、所涉及國家機密等級及解密條件，封口加蓋印章或職名章，於辦理歸檔後，送指定專區存放。
前項專用封套，法院得視業務需要，參考檔案中央主管機關設計之範例，自行訂製統一格式使用。
管理人員點收國家機密之案卷時，僅得依封套上記載事項檢視，不得拆開封套；經確認無誤後，應於歸檔清單及封面上註記點收日期或蓋點收章備查。
有關歸檔事項，本辦法未規定者，依機密檔案管理辦法規定為之。