執行收回船員服務手冊之規定如下：
一、航政機關於收回船員服務手冊時，應以書面通知船員限期繳回，但船員涉及刑責者，應俟法院判決確定後執行。
二、航政機關執行收回船員服務手冊期間之計算，應自船員繳交手冊至航政機關之日起算，在該收回期間屆滿時，船員得向航政機關申請發回之；若船員逾期未繳回手冊而無正當理由者，航政機關得逕行註銷。
三、受航政機關收回船員服務手冊處罰之國外擅自離船船員，經當地政府遣返或自行返回臺灣地區時，由航政機關函該船員服務之公司將船員服務手冊繳回。
四、凡受收回船員服務手冊之處罰時，其有適任證書或認可證書者，一併收回或註銷。