本辦法減免額度之核發方式規定如下：
一、公私場所依第五條第一項第一款申請購置成本減免者，經審查通過後，由地方主管機關依下列各階段核發減免額度；其為前一年度不需繳納空氣污染防制費之公私場所，地方主管機關應於操作一年後，一次核發減免額度。
（一）第一階段：設置前，核發減免額度之百分之四十。
（二）第二階段：完工驗收後，核發減免額度之百分之四十。
（三）第三階段：正式操作一年後，核發減免額度之百分之二十。
二、公私場所依第五條第一項第二款申請購置成本減免者，經審查通過後，由地方主管機關一次核發減免額度。
三、公私場所依第五條第一項第三款取得耗材費用減免資格證明者，由公私場所自行於每季申報空氣污染防制費時，依第八條規定減免。