水質保護司掌理事項如下：
一、水體品質保護、總量管制之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
二、陸域水體水質污染改善與現地處理技術之政策規劃、推動、協調、執行及督導。
三、非點源污染管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
四、飲用水水質管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
五、事業廢水污染源管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
六、事業廢水創新處理技術與資源化之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
七、公共、工業區與社區污水污染源管理之政策規劃、法規研擬、推動、協調、執行及督導。
八、水污染防治基金收支、保管與運用之規劃、審議、執行及督導。
九、其他有關水質保護事項。