第三條至第五條申請，經中央主管機關審查核准發給輸入許可者，始得依核准內容辦理輸入。
輸入許可自核發之日起算一年內有效。
第一項核准內容之使用計畫、輸入後使用期間之隔離管制計畫與國內、國外之運輸路線、方式、包裝方法、運輸時使用之包裝及其內容物等文件、資料擬變更時，輸入人應填具申請書，並檢附變更文件、資料，向中央主管機關申請核准。
特定物品或其衍生物核准使用期間規定如下：
一、第二條第二項第一款、第五款：最長以五年為限。但供實驗、研究用黃果蠅（Drosophila melanogaster）（以下簡稱黃果蠅），依輸入人申請之使用期間。
二、第二條第二項第二款：最長以三十年為限。
三、第二條第二項第三款、第四款：依輸入人申請之使用期間。
輸入人得於核准使用期間屆滿三十日前，向中央主管機關申請展延，其展延期間以五年為限。但供展覽用途者，得於核准使用期間屆滿三日前申請展延，其展延期間不得超過核准展覽計畫之使用期間。
申請前項展延時，應檢附使用紀錄、展延使用之原因及後續安全隔離管制計畫資料。植物檢疫機關認有必要時，得派員實地查核。