農業資源科掌理事項如下：
一、農作物農藥殘留與重金屬污染等安全監測及管制之輔導及執行。
二、肥料供需資料蒐集與穩定措施及品質管理、友善環境農業資材、農田地力改良、有機質肥料及綠肥作物推廣之輔導及執行。
三、農業機械自動化、智能化與資訊之輔導及執行。
四、農糧產業資源利用發展方案之推廣、輔導及執行。
五、農產品溯源與驗證之輔導及執行。
六、有機農業政策輔導與推廣、產業發展、產銷計畫、獎勵及補貼計畫案件審核之輔導及執行。
七、有機驗證場（廠）所查察、產品品質與標章查驗、進口有機農產品申請案件審查之輔導及執行。
八、友善環境耕作發展方案、推廣團體之輔導及管理；友善農產品之行銷及推廣。
九、養蜂產業之輔導及執行。
十、其他有關農業資源事項。