糧食儲運課掌理下列事項：
一、稻米保價收購、違規公糧繳交之處理、雜糧保價收購、農戶耕地資料建檔、水旱田輪作、休耕資料建檔事項。
二、補助農民繳售公糧稻穀隨糧包袋費用計畫之執行。
三、糧食倉儲、公糧委託業務、公糧收儲計畫之執行。
四、公糧庫存查核、公糧倉儲蟲害防治與災害處理之執行。
五、公糧倉庫與倉儲設備興修建計畫執行。
六、穀物倉儲自動化與乾燥中心設置協助與執行。
七、公糧供銷、加工、副產品處理、進口公糧業務之執行。
八、公糧運輸業務、公糧包袋資材供需計畫之執行。
九、緊急時期糧食供應計畫之執行。
十、其他臨時交辦事項。