主管機關審查與核定出流管制計畫書及出流管制規劃書之程序如下：
一、主管機關認定出流管制計畫書、出流管制規劃書或出流管制計畫書變更無第十條第一款至第五款規定等情事時，應以書面通知義務人於十工作日內繳交審查費。
二、主管機關審查後，認需依審查意見與結論修正計畫書者，應將修正事項通知義務人，並副知目的事業主管機關。
三、義務人應依審查意見與結論完成計畫書修正後送主管機關審查，主管機關於審查通過後予以核定。
四、主管機關核定出流管制計畫書及出流管制規劃書後，應檢送核定本一份予義務人，並檢送核定本四份副知目的事業主管機關。
五、前款主管機關為中央主管機關時，應檢送核定本一份予土地開發利用所在地之直轄巿、縣（巿）主管機關。
六、目的事業主管機關據以核准開發或利用許可後，應將出流管制計畫書及出流管制規劃書核定本二份及其他文件送交義務人，並副知主管機關。
前項第六款規定之主管機關為中央主管機關時，並應副知土地開發利用所在地之直轄巿、縣（巿）主管機關。
主管機關為辦理第一項之審查，得設置審查會或依本法第八十三條之十二第一項規定委託相關專業機構或團體為之。
屬第三條第一項第二款無目的事業主管機關者，不受第一項第四款應副知目的事業主管機關及第六款規定程序之限制。