水利行政組掌理事項如下：
一、河川區域揚塵防治之策劃、擬訂、提報及推動。
二、河川、排水與海堤管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
三、河川、排水與海堤之土石疏濬採取制度規範及計畫、水利建造物建造、改造與拆除申請作業規範之擬訂、推動及督導。
四、鑿井業務管理制度規範與計畫、地下水保育策略與計畫之擬訂、推動及督導。
五、地層下陷防治計畫之擬訂、推動及督導。
六、本署主管法規之研究、整理、編纂、諮詢與相關案件之協助及彙辦。
七、本署主管法規命令、行政規則之審訂及發布或下達之相關法制業務。
八、河川、排水、海堤管理與地下水管制相關法規之制（訂）定、修正及解釋之擬議。
九、河川、排水與海堤管理及巡守人員教育訓練之督導。
十、其他有關水利行政事項。