一、以每二個月為一期，於每單月二十日以前自動向管理局申報並向所指定之銀行繳納管理費。

二、已於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表、經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本、抵扣項目憑證及科學園區園區事業免用統一發票收據明細表，並應將收據合計數填報於營業人銷售額與稅額申報書相關欄位。園區事業以總、分支機構分設於園區內外，其由總機構合併向所在地主管稽徵機關申報銷售額及繳納營業稅額者，另應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之總機構彙總申報營業人銷售額與稅額申報書，管理局並得洽請其提供進出口報單、出貨證明、銷貨訂單，或其他經管理局同意足資證明其營業額之文件。

三、未於主管稽徵機關核准營業登記之園區事業，繳納管理費時應檢具管理費自動申報明細表。

四、金融機構應檢附經主管稽徵機關蓋妥收件章之營業人銷售額與稅額申報書影本。