自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工，應檢具委託加工申請書、合約書、受託廠商工廠登記證明文件、加工說明或圖說、單位用料清表及委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關申請核准，經核准者，免提供稅款擔保。海關得視需要會同相關機關成立審查小組辦理審查。
經核准辦理委託課稅區或保稅區加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區及由課稅區或保稅區運回，應依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並登錄相關帳表。
自國外進儲第一項委託加工貨物，自由港區事業於向海關傳輸報單，依相關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，得免進儲自由港區事業，逕輸往課稅區或保稅區。如發生短、溢裝情形，準用進出口貨物查驗準則第二十二條第一項規定辦理。
受託加工之課稅區或保稅區廠商須以辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產製造項目應與受委託項目相符。對於該受託加工貨物應設置專區存儲，並設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。
委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。課稅區廠商受託加工所添加之進口原料，除其屬本條例第二十六條第二項各款所列者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅；保稅區廠商受託加工所添加之保稅原料，得申請除帳。
第一項委託加工受理申請及審查核准事項，海關得委託自由港區管理機關辦理，管理機關應將其審查結果及相關文件函知海關。