我國個人、公司或有限合夥事業適用第二條規定，我國創作人適用第三條規定及公司員工適用第五條規定者，扣繳義務人於給付股票時，免依所得稅法第八十八條規定辦理扣繳。

股票發行公司依本條例第十二條之一第六項規定向各中央目的事業主管機關申請認定，及我國學術或研究機構依同條例第十二條之二第四項規定向科學技術基本法第六條第三項所定辦法之各主管機關申請認定，經各該主管機關否准其申請者，扣繳義務人應於主管機關函復申請人之日起一個月內，辦理補扣及補繳扣繳稅款並向稽徵機關申報各類所得扣繳暨免扣繳憑單。

扣繳義務人依前項規定期限補繳及補報者，得免加計利息並免依所得稅法第一百十一條及第一百十四條規定處罰，屆期未辦理者，應依前開所得稅法規定處罰。