保防科掌理事項如下：
一、保防教育宣導之推行及統計彙報。
二、公務機密維護作業計畫之訂定與執行、機關安全維護工作情報之蒐集與綜合檢查之實施、突發事件之反映與處理及重要會議會場之安全維護及保密。
三、員警忠誠調查、安全調查基本資料之建立及管理、定期複查之舉辦、考管案件之處理、新進人員安全調查之辦理。
四、保防組織之諮詢員布置、工作人員派免異動之建議、偵測及成果檢討報告表之填製。
五、國家安全偵防業務之策劃指導與執行及偵防器材設備之購置。
六、各項專案特種警衛工作之策劃及執行。
七、社情工作之策劃指導、蒐集處理、統計分析之陳報與彙處、社調工作之考核及獎懲建議、社情工作競賽之舉辦。
八、保防安全資料之彙編與管理、年度施政計畫及檢討報告之編訂。
九、查緝大陸偷渡犯工作計畫之訂定與執行、獎勵金之請領及核銷作業、定期考核與個別獎勵之處理、統計及彙報。
十、其他有關保防事項。