自由港區管理機關掌理港區內下列事項：
一、自由港區管理運作與安全維護之規劃及執行。
二、自由港區事業與自由港區事業以外之事業入區申請之核准及廢止營運相關事項。
三、人員與貨物進出自由港區之核准及門哨管制檢查。
四、外籍商務人士入境許可申請之核轉。
五、自由港區事業外籍人士延長居留申請之核轉。
六、預防走私措施。
七、業務及財務狀況之查核。
八、自由港區事業、自由港區事業以外之事業之營運輔導。
九、環境保護工作之推動督導。
十、資訊化發展之督導。
十一、依法令或上級機關交付辦理之事項。
十二、其他有關行政管理事項。
自由港區管理機關就自由港區內下列事項之管理，應經目的事業主管機關之委任或委託：
一、勞工行政、勞工安全衛生及勞動檢查。
二、工商登記證照之核發。
三、工業用電證明之核發。
四、外籍或僑居國外專門性或技術性人員聘僱之核發。
五、申請稅捐減免所需相關證明之核發。
六、貨品輸出入簽證、原產地證明書及再出口證明之核發。
七、土地使用管制及建築管理。