經海關核准實施自主管理之業者違反第二十六條之一第三項所定辦法中有關自主管理應辦理之事項、專責人員應具備之資格、任務或人數之規定者，由海關予以警告或處新臺幣六千元以上三十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下部分或全部自主管理事項，或廢止其自主管理之核准。