期貨信託基金之清算人由期貨信託事業擔任之，期貨信託事業有第八十三條第二項第一款或第二款之情事時，應由基金保管機構擔任。基金保管機構亦有第八十三條第二項第一款或第二款之情事時，由受益人會議以決議選任符合主管機關規定之期貨信託事業或基金保管機構為清算人。
期貨信託基金因基金保管機構有第八十三條第二項第一款或第二款之情事致終止期貨信託契約者，得由清算人選任適當之基金保管機構報經主管機關核准後，擔任清算時期期貨信託基金保管職務。
除法令或期貨信託契約另有規定外，清算人及基金保管機構之權利義務在期貨信託基金存續範圍內，與原期貨信託事業、基金保管機構相同。