製造或使用毒性及關注化學物質之運作人申請許可證、登記文件或核可文件或其變更、展延前，須先繪製運作場所全廠（場）空氣、水、廢棄物、毒性及關注化學物質污染流向示意圖，檢視污染在不同介質間之流向及在各類環保許可證（文件）間之關連。但製造或使用毒性及關注化學物質僅供試驗、研究或教育用途，且運作總量低於分級運作量者，不在此限。

前項申請、變更或展延，有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，須同時依各該環保法規規定提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。但可提出未實質涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延者，不在此限。

經直轄市、縣（市）主管機關確認有涉及其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延而未同時提出者，直轄市、縣（市）主管機關得續依本辦法規定審查，並通知製造或使用毒性及關注化學物質之運作人應提出其他類環保許可證（文件）之申請、變更、異動或展延。