共同處理機構之設立，應檢具下列文件，向本署申請許可：
一、申請書。
二、設立及營運資金之證明文件。
三、醫療機構、醫事檢驗所名冊及共同關係等相關資料。但以股份有限公司方式設立者，並應檢具投資名冊及其各該投資比例等證明文件。
四、醫療廢棄物處理設施規格功能、處理能力說明書。
五、處理設施用地之相關證明文件（如土地登記簿謄本、地籍圖謄本、土地使用清冊、土地使用同意書等）。
六、工程計畫說明書（含進度表、設置規模等）。
七、污染防治計畫書。
八、醫療廢棄物最終處置方式。
九、營運管理計畫說明書。
十、財務計畫書。
十一、其他經本署指定或相關法令規定之文件。