結核病組分設三科，各科掌理事項如下：
一、第一科：（醫療事務科）
（一）結核病醫療網之建構及督導事項。
（二）結核病診療諮詢及提升診療品質事項。
（三）醫療院所醫事人員結核病相關教育訓練、認證事項。
（四）結核病人住院治療事項。
（五）結核病院內感染控制事項。
（六）醫療院所、安養機構內疑似結核病聚集事件之調查及追蹤事項。
（七）普及結核菌檢驗及提升醫療院所結核菌檢驗品質事項。
（八）全國結核菌代檢網建構及督導事項。
（九）結核菌檢驗技術訓練事項。
（十）與結核菌中央參考實驗室聯繫及合作事項。
（十一）其他有關結核病醫事及檢驗事項。
二、第二科：（社區管理科）
（一）卡介苗預防接種事項。
（二）結核病人及接觸者發現、追蹤及管理事項。
（三）特殊族群結核防治政策執行事項。
（四）團體（非醫事）機構聚集感染事件調查及後續處理事項。
（五）結核病防治教育宣導企劃與執行事項。
（六）結核病防治非醫事人員教育訓練與專業研討事項。
（七）結核病防治之訊息發布及媒體聯絡事項。
（八）漢生病（Hansen’s disease）防治事項。
（九）擬定結核病防治年度計畫及其年度預算編列。
（十）施政計畫追蹤研考及提報事項。
（十一）其他有關結核病之公衛防治事項。
三、第三科：（通報及指標管理科）
（一）結核病個案通報資料分析與疫情研判事項。
（二）結核病國內外疫情與流行資料之蒐集及分析事項。
（三）結核病之監視資料表報整理及資料庫維護與管理。
（四）結核病資料通報及追蹤品質控管事項。
（五）督導地方衛生機關、分局辦理結核病防治措施及考評事項。
（六）結核病之資料網頁維護。
（七）結核防治指標之建立及研究發展。
（八）協助結核病流行病學及科技研究事項。