財務處分科及職掌如下：
一、財務計劃科：
有關健保財務總體收入、支出面資料之蒐集、彙整、陳報與研析事項
。
有關各項健保政策財務收支面影響之分析與數據提供事項。
有關醫療支付總額調整之建議事項。
有關保險費率精算事項。
有關保險安全準備金提撥率之建議事項。
其他有關財務計劃事項。
二、資金管理科：
有關資金收支估計及分析事項。
有關現金流量模式之維護及管理事項。
有關保險資金之運用事項。
有關短期資金之調度事項。
有關安全準備之保管及運用事項。
有關資金運用收益之計算及報告事項。
其他有關資金管理事項。
三、財務出納科：
有關政府補助款之收、催繳事項。
有關與分局間保費收入解繳、醫療費用之撥付事項。
有關往來金融機構收支對帳及現金收支報表之編製事項。
有關保險財務之現金、有價證券、票據之出納保管登記事項。
有關與分局間罰鍰收入解繳事項。
有關代辦職業災害保險給付之收回事項。
有關代位求償請款事項。
有關代辦醫療費用之收回事項。
其他有關財務出納事項。