船舶組掌理事項如下：
一、船舶相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂，船舶國際公約之認可及施行之擬議審核。
二、船舶之建（購）造、改造、修理、抵押、出售及拆解等事項之核議。
三、船舶（含小船）檢查、丈量、載重線或吃水尺度勘劃事項之業務督導。
四、船舶登記及小船註冊業務之督導。
五、船舶安全管理與查核、保全事項及保全等級之發布。
六、驗船機構之監督與管理及驗船師執業證書之核發、換發、補發。
七、船舶技術人員訓練、船舶技術規範、檢查技術標準之研訂及核議。
八、非中華民國國籍船舶申請進入非國際港灣口岸之特許。
九、水運動員準備相關事項之擬訂及執行。
十、其他有關船舶事務之處理。