內部控制制度應涵蓋所有營運活動，並應訂定下列適當之政策及作業程序，且應適時檢討修訂：
一、組織規程或管理章則，應包括訂定明確之組織系統、單位職掌、業務範圍與明確之授權及分層負責辦法。
二、相關業務規範及處理手冊，包括：
（一）投資準則。
（二）客戶資料保密。
（三）利害關係人交易規範。
（四）股權管理。
（五）財務報表編製流程之管理，包括適用國際財務報導準則之管理、會計專業判斷程序、會計政策與估計變動之流程等。
（六）總務、資訊、人事管理（銀行業應含輪調及休假規定）。
（七）對外資訊揭露作業管理。
（八）金融檢查報告之管理。
（九）金融消費者保護之管理。
（十）重大偶發事件之處理機制。
（十一）防制洗錢及打擊資恐機制及相關法令之遵循管理，包括辨識、衡量、監控洗錢及資恐風險之管理機制。
（十二）其他業務之規範及作業程序。
金融控股公司業務規範及處理手冊應另包括子公司之管理及共同行銷管理。
銀行業務規範及處理手冊應另包括出納、存款、匯兌、授信、外匯、新種金融商品及委外作業管理。
信用合作社業務規範及處理手冊應另包括出納、存款、授信、匯兌及委外作業管理。
票券商業務規範及處理手冊應另包括票券、債券及新種金融商品等業務。
信託業作業手冊之範本由信託業商業同業公會訂定，其內容應區分業務作業流程、會計作業流程、電腦作業規範、人事管理制度等項。信託業應參考範本訂定作業手冊，並配合法規、業務項目、作業流程等之變更，定期修訂。
股票已在證券交易所上市或於證券商營業處所買賣之金融控股公司及銀行業，應將薪資報酬委員會運作之管理納入內部控制制度。
金融控股公司及銀行業設置審計委員會者，其內部控制制度，應包括審計委員會議事運作之管理。
金融控股公司及銀行業應於內部控制制度中，訂定對子公司必要之控制作業，其為國外子公司者，並應考量該子公司所在地政府法令之規定及實際營運之性質，督促其子公司建立內部控制制度。
金融控股公司及銀行業應建立集團整體性防制洗錢及打擊資恐計畫，包括在符合國外分公司（或子公司）當地法令下，以防制洗錢及打擊資恐為目的之集團內資訊分享政策及程序。
前十項各種作業及管理規章之訂定、修訂或廢止，必要時應有法令遵循、內部稽核及風險管理單位等相關單位之參與。