評選作業分為資格審查及綜合評選二階段：
一、資格審查，規定如下：
（一）由主辦機關依公開評選文件規定之資格條件進行審查，選出合格申請人。
（二）申請人之申請文件有疑義時，除公開評選文件另有規定外，主辦機關應通知申請人限期補正或提出說明；申請人屆期未補正、說明，或經補正、說明後仍有疑義，列為不合格申請人。
（三）主辦機關應將審查結果，以書面通知各申請人；審查合格者，應記載評選會日期及相關評選事宜，審查不合格者，應敘明其理由。
二、綜合評選，規定如下：
（一）由評選會就資格審查之合格申請人提送都市更新事業計畫建議書及相關評選文件，依公開評選文件規定之評選項目、基準及評定方式，選出最優申請人；必要時，得增選次優申請人。
（二）申請案件均未達評選基準或不符公共利益時，評選會得不選出最優及次優申請人。