動物檢疫組掌理事項如下：
一、輸出入動物檢疫政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
二、動物檢疫物之檢疫、隔離、處理之規劃、訂定、協調、推動、監督及證明文件核發。
三、輸出入動物檢疫物港站檢疫、隔離檢疫、產地檢疫、追蹤檢疫與無特定動物傳染病區域化認定之作業程序、方法、技術之規劃、訂定、協調、推動及監督。
四、國際動物疫情風險評估作業與管制措施之規劃、分析、聯繫、推動及監督。
五、國外重大動物疫病疫區之公告與解除之研議及執行。
六、動物檢疫諮商談判之參與及配合。
七、動物檢疫人員管理政策與法規之規劃、研擬、管理及監督。
八、輸出入動物檢疫申訴案件與糾紛之處理及協調。
九、動物檢疫之研究、發展、引進與技術服務、動物檢疫檢查方法、檢驗基準之規劃、訂定、執行及監督。
十、其他有關動物檢疫事項。