本基金之收支、保管及運用，應設土壤及地下水污染整治基金管理會（以下簡稱本會），置委員十七人至二十三人，由本部出任當然委員三人，其中一人為召集人，由本部部長或其指派人員兼任之；其餘二人，一人為副召集人，均由本部派員兼任之；其餘委員，由本部就有關機關代表、專家及學者聘兼之。
前項專家及學者代表不得少於委員總人數三分之二。
本會委員任一性別比例不得少於委員總人數五分之二。
本會委員任期最長二年，期滿得續聘之，均為無給職。有關機關代表職務異動時，應改派代表補足原任期；專家或學者出缺時，應予補聘，其任期至原聘任委員任期屆滿之日止。