第五條之申請文件經審查合於規定者，應予許可，並副知事業、再利用機構所在地之直轄市或縣（市）主管機關及再利用機構之中央目的事業主管機關。
第五條及前條第一項之審查程序如下：
一、形式審查：由本部就申請文件內容進行書面審查。
二、實質審查：經形式審查通過之申請案，本部得邀集相關學者專家列席，必要時得進行現場勘查，並得委託私人、公立學校或專業機構辦理審查。
本部於受理第五條及前條第一項申請後六十個工作日內完成審查，情形特殊者，其審查期限得延長一次，延長審查期間以六十個工作日為限。
形式審查及實質審查之各次補正日數不算入審查期限內，且補正之總日數不得超過九十個工作日。
審查有下列情形之一者，駁回其申請：
一、申請文件經通知限期補正，屆期未補正。
二、申請文件補正之總日數超過九十個工作日。
三、再利用許可申請期間，曾因違反環保法令受限期改善而屆期仍未完成改善、按日（次）處罰鍰、停工、停業、勒令歇業、撤銷或廢止許可證（文件），或涉及刑事責任移送司法機關。
四、經實質審查，不具再利用可行性。