申請案有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應予駁回：
一、未依第三條規定置獸醫師、畜牧技師、動物管理人員，或動物管理人員資格未符合第三條所定各款之一之資格。
二、經營營利性野生動物飼養、繁殖、買賣或加工之場所及設備，其飼養、環保、安全、防逃之措施不足、該場所或設備未符合第五條第一項規定。
三、繁殖經營管理規劃書之繁殖設計及方法，未符合申請繁殖之營利性野生動物所需。
四、申請繁殖營利性野生動物種類為貿易法第十一條、貨品輸入管理辦法第六條公告限制輸入貨品表之高風險入侵性外來種、動物保護法第八條公告禁止飼養、輸出或輸入之動物或本法第三十一條公告有害生態環境、人畜安全之虞之原非我國原生種野生動物。
五、有第五條第二項所定近親及跨種配種致會生產不健康子代之情形。
六、停業、歇業時遺留動物處理計畫不完善。
七、違反其他相關法令規定。