驗證機構辦理驗證業務，應遵行下列事項：
一、執行驗證工作所得資訊，妥予保密。
二、組織運作及立場，維持公正獨立。
三、適當處理食品業者之申訴或陳情，作成紀錄，並以書面回復。
四、訂定驗證證明書之核發及管理程序。
五、驗證機構之組織架構、執行驗證之相關部門主管、稽核員或第四條第一項第三款名冊異動時，檢附相關資料，報請中央主管機關備查。
六、辦理稽核員相關查核技巧、食品衛生安全及相關法令之教育訓練，並對該人員定期考核及紀錄。
七、稽核員每年接受中央主管機關自行或認可機構辦理之驗證實務及相關法令教育訓練至少六小時；稽核員每年執行驗證至少十場次。
八、稽核員名單登錄於食品衛生安全管理認證及驗證資訊系統；其有異動時，即時更新。
九、提供申請驗證之食品業者查詢驗證進度。
十、對辦理驗證工作所得或所生之資料，至少保存六年。