營利事業取得前條第一項證明函後，應如期辦理當年度營利事業所得稅結算申報，於申報時應依規定格式填報及檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關申請免徵營利事業所得稅，當年度始得免徵：
一、自由港區管理機關核發之符合營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動於自由港區從事貨物採購、輸入、儲存或運送證明函影本。
二、租稅獎勵表及相關證明文件。營利事業所得稅結算申報委託會計師查核簽證申報及營利事業依第五條第一款第一目之2規定申請免徵營利事業所得稅者，其租稅獎勵表及相關證明文件應經會計師複核。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
營利事業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；屆期未補正者，稅捐稽徵機關不予受理。
營利事業在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人者，應報經稅捐稽徵機關核准，委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，代理申報納稅。
稅捐稽徵機關審核營利事業申報適用免稅之所得內容及其相關事項時，得請自由港區管理機關及各產業中央目的事業主管機關協助認定。