運輸管理科掌理事項如下：
一、汽車運輸業籌備立案之審（核）查。
二、汽車運輸業之督導管理。
三、運輸業營運資料之統計及管理。
四、計程車客運服務業、運輸合作社及無線電台之督導管理。
五、公路公共運輸規劃、審核及推動。
六、運輸車輛動態資訊系統監督管理、資料統計、彙整分析與決策支援規劃及整合運用。
七、重點運輸車輛規劃納管事項。
八、協調全國各直轄市、縣（市）客運動態系統資訊整合與提供加值創新管理及服務。
九、運輸車輛動態資訊系統功能與使用介面改善及系統相關教育訓練、宣導推廣事項。
十、其他有關運輸管理及運輸車輛動態資訊系統管理事項。