中央主管機關於收受申請案件後，依下列程序進行審查：
一、初審：包括資格審查及文件審查，申請案文件不全或有誤漏者，中央主管機關得通知限期補正，屆期未補正或補正文件未全者，應予退回。
二、複審：初審符合者應辦理複審；中央主管機關得邀集政府相關機關（構）代表、專家及學者五人至七人進行複審，必要時，得請申請人到場說明。
審查通過之申請案，除經中央主管機關同意者外，受補助人應於通知到達日起一個月內，提出修正後申請計畫書送中央主管機關核定；計畫執行期間，如須修改內容或展延設置時程者，須經中央主管機關審查同意後始得變更之。